Viele Flüsse fließen aus Gründen des Hochwasserschutzes in geradlinigen Flussbetten mit wenigen natürlichen Gewässermerkmalen.
Vielfach unterbrechen Querbauwerke (z.B. Wehre oder Staumauern) über die gesamte Breite des Flusses die Durchgängigkeit des Gewässersystems. Fische können ihre Laichgebiete nicht mehr erreichen, Lebensräume werden isoliert. Langfristig können dadurch bestimmte Fischarten verschwinden.
Stauhaltungen verringern die Fließgeschwindigkeit und verändern unter anderem Uferstrukturen, die Wassertemperatur und den Sauerstoffgehalt des Wassers.
Unterhalb von Wehranlagen, wo Wasser ausgeleitet wird, fließt während des Großteils des Jahres zu wenig Restwasser. Lebensräume gehen verloren, die Selbstreinigungskraft der Gewässer sinkt.
In den alpinen Regionen verursacht die Spitzenstromgewinnung, dass es unterhalb von Stauseen unnatürlich hohe Schwankungen in der Wasserführung gibt. Die Lebewelt der Gewässer wird dadurch massiv beeinträchtigt.
In wenigen intensiv genutzten und gleichzeitig niederschlagsarmen Regionen gelangen Nährstoffe durch Abschwemmungen von den Böden in die Flüsse bzw. Seen.
Belastungen des Grundwassers treten an einzelnen Stellen zum Beispiel bei Deponien oder großflächig durch das Einsickern von Stickstoff und Pflanzenschutzmitteln aus der Landbewirtschaftung auf.
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Ergebnisse der Befragung: 66%