Die Limnologie (gr. λίμνη limne „See“ und -logos) ist die Wissenschaft von den Binnengewässern als Ökosysteme. Sie erforscht die Struktur, den Stoff- und Energiehaushalt und biologisch-ökologische Struktur und Funktion der Gewässer.
Der Begriff Binnengewässer umfasst Fließgewässer und Grundwasserkörper, stehende Gewässer, wie Weiher und Seen ohne Verbindung zu den Ozeanen. Außer Süßwasser-Ökosystemen gehören auch Salzwasser-Binnengewässersysteme (z.B. selbst das Tote Meer) zum Gegenstand der Limnologie.