Am Joint Danube Survey 3 nehmen drei Schiffe teil: das Laborschiff Argus aus Serbien, das Versorgungsschiff Istros aus Rumänien und das Befischungsschiff Messschiff IV von der ViaDonau in Wien. Untersucht werden Pflanzen, Tiere (Fische und Kleinstlebewesen), Mikrobiologie, Sediment, Hydromorphologie und Chemie der Donau. Der einzigartige Wert des JDS 3 liegt in der Verwendung einheitlicher Methoden entlang der gesamten Donau, wodurch ein Datensatz erhalten wird, der vielseitig verwendet werden kann.